Όσον αφορά το τρίτο μέρος της διαίρεσης του αρχειακού υλικού περιλαμβάνει τους ιερείς ναούς και τα μοναστήρια της Δυτικής Μακεδονίας και πιο συγκεκριμένα των νομών Κοζάνης, Καστοριάς, Φλώρινας και Γρεβενών. Το υλικό αφορά κυρίως μελέτες του καθηγητή Νικ. Μουτσόπουλου επί των παλαιότερων ανασκαφικών δεδομένων στις προαναφερθείσες περιοχές στις οποίες στηρίχθηκε και διεύρυνε τα πορίσματα που αφορούν τους ιερούς ναούς.

Στο αρχείο υπάρχουν ακόμη τοπογραφικές μελέτες, κατόψεις ναών, σωστικές μελέτες, πλούσιο φωτογραφικό υλικό που αποτυπώνει με ευκρίνεια και πληρότητα την διαχρονικότητα των μνημείων αυτών στο πέρασμα των αιώνων. Πολύ σημαντικές για την έρευνα είναι και ιστορικές μελέτες του ιδίου, που βασίζονται στις ανασκαφές, στο αρχειακό υλικό, αλλά και στις προφορικές μαρτυρίες από συνεντεύξεις με τους κατοίκους των παραπάνω περιοχών. Οι ναοί χρονολογούνται από την Μέση και Ύστερη Βυζαντινή περίοδο, ενώ το μεγαλύτερο ποσοστό αφορά ναούς της ύστερης όψιμης Τουρκοκρατίας (μετά τα μέσα του 19^ου αιώνα).

Συγκεκριμένα, ξεκινώντας από τον νομό Κοζάνης, στους ιστορικούς ναούς της πόλεως, όπως είναι ο καθεδρικός ναός του Αγίου Νικολάου, οι Άγιοι Ανάργυροι, ο Άγιος Δημήτριος, ο Άγιος Αθανάσιος, κτλ. Έπειτα ιδιαίτερη βαρύτητα δόθηκε στους ιερούς ναούς του κάστρου των Σερβίων και της επαρχίας της Αιανής, που χρονολογούνται από τη βυζαντινή περίοδο. Παράλληλα στην περιοχή του Βοΐου υπάρχουν εξαιρετικής αρχιτεκτονικής ναοί, οι οποίοι χρονολογούνται από τον 17^ο έως τον 19^ο αιώνα, αποδεικνύοντας την ευμάρεια των κατοίκων της περιοχής που τις χρηματοδότησαν.

Όσον αφορά τον νομό της Φλώρινας, ο καθηγητής Μουτσόπουλος εργάστηκε με ζήλο, συγκεντρώνοντας πλούσιο υλικό. Ιδιαίτερα ασχολήθηκε με την περιοχή των Πρεσπών, την Βασιλική του Αγίου Αχιλλείου και τον ναό του Αγίου Γερμανού στον ομώνυμο οικισμό. Επιπλέον μελετήθηκαν σε πολύ μεγάλο ποσοστό και οι ναοί των οικισμών του νομού. Για παράδειγμα οι ναοί της Πύλης, της Βινένης, του Λεχόβου, της Βεύης κτλ.

Αναφορικά με τον νομό Καστοριάς, ο καθ. Μουτσόπουλος σύμφωνα με το παράδειγμα των υπόλοιπων νομών μελέτησε τους ιερείς ναούς τόσο της πόλεως όσο και της επαρχίας. Εστίασε στη ναοδομία, στην αρχιτεκτονική, τον εσωτερικό διάκοσμο, καθώς και τον πλούτο των αγιογραφιών και αφιερώσεων, στους ναούς του Ταξιάρχη Μητροπόλεως, της Παναγίας Ρασιώτισσας, των Αγίων Αποστόλων, του Αγίου Μηνά και της μονής της Παναγίας της Μαυριώτισσας. Επίσης καταγραφές σημειώθηκαν για τους ιερούς ναούς του υπόλοιπου νομού της Καστοριάς, όπως για παράδειγμα οι εκκλησίες στο Άργος Ορεστικό, το Νεστόριο, τον Άγιο Γερμανό και την Ιεροπηγή.

Τέλος, όσον αφορά τον νομό Γρεβενών, εκεί ο καθ. Μουτσόπουλος εργάστηκε με παρόμοιο τρόπο, καταγράφοντας συστηματικά τους ναούς της περιοχής. Περιλαμβάνονται τόσο οι μοναστηριακοί ναοί (Ιερές Μονές Ζάβορδας, Σπηλαίου, Ταξιαρχών, Τορνικίου) όσο και οι εκκλησίες των οικισμών, όπως το Παλαιοχώρι, η Σαρακίνα, η Ποντική, καθώς και των χωριών της Πίνδου, όπως η Κρανιά, η Μηλιά, η Σαμαρίνα κ.α. Οι ναοί αυτοί παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον τόσο στην αρχιτεκτονική τους όσο και στον εσωτερικό τους διάκοσμο με σημαντικές αγιογραφίες και εικόνες.